Ο ΑΟΟΑ διοικείται από Επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο (ΔΣ/ΑΟΟΑ) το οποίο απαρτίζουν:
- Οι Αρχηγοί των Γενικών Επιτελείων Στρατού Ξηράς, Θαλάσσης και Αέρος.
- Ο Α΄ Υπαρχηγός του ΓΕΣ.
- Ο Δντής Μηχανικού του ΓΕΣ.
- Ένας Ανώτερος ή Ανώτατος Αξκός της Στρατιωτικής Δικαιοσύνης.
- Ένας Ανώτερος ή Ανώτατος Αξκός του Σώματος Οικονομικών Υπηρεσιών.
Του Διοικητικού Συμβουλίου προεδρεύει το κατά βαθμό ανώτερο ή αρχαιότερο μέλος.
Σε περίπτωση απουσίας ή κωλύματος των Αρχηγών των Γενικών Επιτελείων Ναυτικού και Αεροπορίας, έκαστος τούτων αναπληρούται υπό Ανωτάτου ή Ανωτέρου Αξκού, ο οποίος ορίζεται από τον Αρχηγό του αντίστοιχου Κλάδου.
Εκτελεστικό Όργανο του ΔΣ/ΑΟΟΑ είναι ο Γενικός Διευθυντής, ο οποίος διορίζεται με διαταγή του ΥΕΘΑ. Ο Γενικός Διευθυντής μετέχει στις συνεδριάσεις του ΔΣ ως εισηγητής χωρίς ψήφο.
Το ΔΣ/ΑΟΟΑ ασκεί τη Διοίκηση του ΑΟΟΑ και τη διαχείριση της περιουσίας του κατά τις διατάξεις των Νόμων και Ειδικών Κανονισμών.