Η υπηρεσιακή οργάνωση του ΑΟΟΑ περιλαμβάνει τις εξής Διευθύνσεις και Τμήματα:
Διεύθυνση Διοικητικού. Έχει ως αποστολή τον χειρισμό θεμάτων προσωπικού και μελών του Οργανισμού, ήτοι εγγραφές – διαγραφές – επετηρίδα – αναγνώριση κληρονόμων, διανομή στεγαστικών προγραμμάτων, κ.λ.π.
Διεύθυνση προγραμματισμού. Έχει ανασταλεί προσωρινά η λειτουργία της.
Διεύθυνση Τεχνικών Υπηρεσιών. Χειρίζεται θέματα μελετών και εκτέλεσης των έργων (κατασκευή πολυκατοικιών, έργα υποδομής κ.λ.π), καθώς και κοστολόγησης αυτών.
Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών. Χειρίζεται θέματα παρακολούθησης και ελέγχου της διαχείρισης των εσόδων και εξόδων του Οργανισμού, καθώς και των Δανείων.
Διεύθυνση Δικαστικού. Χειρίζεται θέματα νομικής υποστήριξης του Οργανισμού καθώς και των μελών του σε ό,τι αφορά τον έλεγχο των δικαιολογητικών στη φάση της εξυπηρέτησής τους.
Τμήμα Ελέγχου και Εκκαθάρισης Δαπανών. Χειρίζεται θέματα προληπτικού ελέγχου όλων των δαπανών και εκκαθάρισης των πεπραγμένων των διαχειρίσεων χρηματικού, υλικού και παντός ατόμου το οποίο διαχειρίζεται χρήματα και υλικά του ΑΟΟΑ.
Γραμματεία του Διοικητικού Συμβουλίου. Ασχολείται με την ημερήσια διάταξη και τα πρακτικά των θεμάτων που εισάγονται για λήψη αποφάσεων στο ΔΣ.